Assim como arquivo mapeado (http://migre.me/13M8B) a forma de se criar um Mutex entre um aplicativo GUI e um serviço do Windows é incluir a palavra 'Session\' no parâmetro lpName do CreateMutex.
Post rápido para não passar batido, perdoe-me.
Néscio
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Se o filho for menino irá se chamar Néscio.
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Néscio é um post do blog Vida de Suporte.